Rna-seq: a glanee at technologies and methodologies / RNA-Seq: un vistazo sobre las tecnologías y metodologías

RNA Sequencing (RNA-Seq) is a newly born tool that has revolutionized the post-genomic era. The data produced by RNA-Seq, sequencing technologies and use of bioinformatics are exploding rapidly. In recent years, RNA-Seq has been the method of choice for profiling dynamic transcriptome taking advantage of high throughput sequencing technologies. RNA-Seq studies have shown the transcriptome magnitude, notion and complexity. From 2008, as its introduction year, the relevant reports on RNA-Seq have been multiplied by more than 2822 times just in 6 years. RNA-Seq also contributes a more accurate gene expression and transcript isoform estimation than other methods. Furthermore, some of the potential applications for RNA-Seq cannot be conducted by other methods and as yet are unique to RNA-Seq. As RNA-Seq approaches increase in speed and decrease in cost, more distinct researches are applied and become more common and accurate. RNA-Seq is a cross and interdisciplinary method that interconnects biology to other scientific topics. This article describes RNA-Seq approach, technologies, methodologies, implementation, and methods done so far in characterizing and profiling transcriptomes.

En los últimos años, la técnica RNA-Seq ha tenido un desarrollo acelerado y se ha convertido en el método de elección para el estudio y la caracterización de los transcriptomas dinámicos, aprovechando las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento. Estudios aplicando RNA-Seq han mostrado la magnitud, noción y complejidad del transcripotma. A partir de 2008, año de introducción de la técnica, los estudios con RNA-Seq se han multiplicados por más de 2822 veces sólo en 6 años. Al compararse con otros métodos, los estudios empleando RNA-Seq contribuyen a una estimación más precisa de la expresión génica y de las isoformas de los transcriptos. Además, algunas de las aplicaciones potenciales de RNA-Seq no se pueden llevar a cabo con otros métodos. El uso de RNA-Seq aumenta la velocidad de obtención de información y disminuye los costos, logrando con su uso, que investigaciones diversas se vuelvan más frecuentes y precisas. RNA-Seq es un método interdisciplinario que interconecta la biología a otros temas científicos. En este artículo se describe el planteamiento de la tecnología RNA-Seq, metodologías y los métodos realizados en la caracterización de transcriptomas.

Diversidad y estructura genética de accesiones de palma de aceite (Elaeis guineesis Jacq.)provenientes de Camerún / Diversity and genetic structure of oil palm accession (Elaeis guineesis Jacq.) from Cameroon

La palma de aceite Elaeis guineesis Jacq. posee gran importancia debido al aceite que se extrae de sus frutos, del cual se obtienen derivados refinados de gran valor comercial como el biodiesel, entre otros. Esta investigación buscó determinar la estructura y diversidad genética de 311 muestras de palma de aceite proveniente de la República de Camerún mediante 10 marcadores microsatélite. Los resultados mostraron valores promedio para el número medio de alelos por locus de Na=8.433 y un número efectivo de alelos por locus de Ne=4.756; las diferencias entre estos valores permiten inferir que los 106 alelos encontrados para estas poblaciones son considerados alelos raros. Adicionalmente, el valor de diversidad genética fue alto (valor medio de He= 0.781) respecto a reportes de varios autores. La varianza molecular obtenida evidenció que el mayor porcentaje (80 %) se encuentra dentro de los individuos. Los análisis mostraron que no se definió ningún tipo de estructura poblacional, lo que permitió inferir un alto flujo genético entre las zonas geográficas, esto corroborado por los altos valores de diversidad genética obtenidos. Los 311 genotipos evaluados fueron definidos como una población natural heterogénea heterocigota, apta para favorecer el aumento de la base genética de las poblaciones cultivadas de palma de aceite.

Oil palm Elaeis guineesis Jacq. is of great importance because of the oil extracted from its fruits, whose refined derivatives are commercially valuable as biodiesel, among others uses. This study sought to determine the structure and genetic diversity of 311 oil palm samples from the Republic of Cameroon with 10 microsatellite markers. The results showed values for the average number of alleles per locus of Na= 8.433 and effective number of alleles per locus of Ne= 4.756; from the differences between these values, it can be inferred that the 106 alleles found for these populations could be considered rare alleles. Additionally the value of genetic diversity was high (mean value of He= 0.781) compared to reports of several authors. The obtained molecular variance showed that the highest percentage (80 %) was found within the individuals. The analysis did not show any defined population structure, which allowed us to infer a high gene flow among the geographic zones, corroborated it by the high genetic diversity values obtained. The 311 genotypes were defined as a heterogeneous heterozygous natural population suitable to increase the genetic base of oil palm cultivated populations.

BIOCHEMICAL AND PHYSIOLOGICAL CHARACTERIZATION OF OIL PALM INTERSPECIFIC HYBRIDS (Elaeis oleifera x Elaeis guineensis) GROWN IN HYDROPONICS / Caracterización ecofisiológica y bioquímica de híbridos interespecíficos de palma de aceite (Elaeis oleifera x Elaeis guineensis) crecidos en medio hidropónico

The interspecific hybrid, Elaeis oleifera x Elaeis guineensis (OxG) is an alternative for improving the competitiveness and sustainability of the Latin American oil palm agro-industry, because of its partial resistance to some lethal diseases and also because of the high quality of its oil. A comparative characterization was conducted of the physiological and biochemical performance of seedlings of six OxG hybrids grown in hydroponics. Gas exchange, vegetative growth, protein, sugar and photosynthetic pigment content, and antioxidant system activity were determined. With the exception of gas exchange, the other variables showed significant differences between materials. The ´U1273´ and ´U1737´ materials showed greater vegetative growth with no expression of biochemical traits, while the ´U1914´and ´U1990´ materials showed high levels of reducing and total sugars, photosynthetic pigments, and antioxidant system activities, characteristics that could confer them adaptation to stress conditions. With the standardized hydroponics technique, the optimal conditions for the growth of seedlings were ensured, the differences between materials were established, so those with promising features from the physiological and biochemical standpoint were identified. Finally, it could be used to study in a simple, fast, clean and inexpensive way, the effect of levels and sources of mineral nutrients on the growth and development of oil palm.

El híbrido interespecífico Elaeis oleifera x Elaeis guineensis (OxG) es una alternativa para mejorar la competitividad y sostenibilidad de la agroindustria de la palma de aceite latinoamericana, debido a su resistencia parcial a enfermedades letales y a que su aceite es de muy alta calidad. Se realizó la caracterización comparativa del desempeño fisiológico y bioquímico de seis híbridos OxG crecidos en medio hidropónico. Se hicieron determinaciones de intercambio de gases, crecimiento vegetativo, proteínas, azúcares, contenido de pigmentos fotosintéticos y actividad del sistema antioxidante enzimático. Con excepción de las variables de intercambio de gases, las otras variables mostraron diferencias significativas entre materiales. Los materiales ´U1273´ y ´U1737´ mostraron mayor crecimiento vegetativo sin expresar cualidades desde el punto de vista bioquímico, mientras los materiales ´U1914´ y ´U1990´ mostraron altos niveles de azúcares totales y reductores, compuestos fotosintéticos y actividades del sistema antioxidante, características que podrían conferirles adaptación a condiciones de estrés.

Nuevo modelo de pago del seguro integral de salud en los departamentos de Apurímac, Ayacucho y Cajamarca / New payment model comprehensive health insurance in the departments of Apurimac, Ayacucho and Cajamarca

El documento describe el mecanismo por el cual paga a los establecimientos de salud, utilizando la nueva lógica interna del proceso de aseguramiento para toda la población pobre y pobre extrema, independientemente de su edad y sexo. Además, incluye la nueva estructura del plan de beneficios para un mayor número y proporción de intervenciones de prevención y rehabilitación

Contenido de poiiaminas libres en palmas afectaas por pudricion del cogollo enn las zonas central y occidental de Cloombia / Free olyamine coontent on oil palms aected by bud rot in the Colombiian central and western palm regions

La pudrición del cogollo (PC) es la principal enfermedad de la palma en Colombia. En las zonas palmeras Central (ZC) y Oriental (ZOR), las palmas enfermas pueden recuperarse naturalmente. En la Zona Occidental (ZOCC) el proceso de recuperación no es evidente. La recuperación de palmas está ligada a gran actividad meristemática que podría involucrar la acción de metabolitos como las poliaminas (PA). Este trabajo muestra la relación entre el contenido de poliaminas en el meristemo y la capacidad de recuperación de palmas con PC, en dos zonas agroclimáticas diferentes. Poliaminas extraídas del meristemo de palmas en ZC y ZOCC, fueron analizadas por HPLC. En ZC, donde existe recuperación espontánea, los niveles más altos de PA se presentan en palmas sanas y en recuperación y a medida que avanza la enfermedad la concentración desciende hasta un mínimo en el estado de PC inicial. Luego la concentración de PA aumenta hasta el estado de Buena Recuperación donde los valores de poliaminas son más altos que los de palmas sanas. En la ZOCC , el contenido de PA aumenta con la enfermedad llegando al máximo en plantas sin recuperación y el mínimo en plantas sanas. Las diferencias entre zonas pueden explicarse por los diferentes roles de las poliaminas en plantas. En la ZC la cantidad elevada de PA en palmas sanas o en recuperación funcionaría en la inducción de actividad meristemática, para la recuperación espontánea. En la ZOCC el aumento en el contenido de PA con la enfermedad puede estar relacionado con la producción de especies reactivas de oxigeno para defensa secundaria contra patógenos. A diferencia de lo observado en ZC , las plantas en ZOCC no pueden producir estructuras sanas que no sean re infectadas, por lo tanto los elevados contenidos de PA no están relacionados con la promoción de la actividad meristemática.

Bud Rot complex (BR) is the major disease of oil palm in Colombia . In the Central (ZC) and Eastern (ZE) oil palm regions, palms affected by BR are able to naturally recover. In the Western Region (ZW) the recovery process is not evident. Recovery of the palms is linked to high meristem activity, which could involve the promoting action of plant growth regulators such as polyamines (PA). This study shows the relationship between polyamine content and the capacity of palms to recover from BR in two regions with different agroclimatic conditions. Polyamines extracted from palms planted on ZC and ZW were analyzed by HPLC. On ZC where spontaneous recovery is present, the highest values were measured on healthy and recovery palms and with the progression of the disease, PA concentration decreased reaching a minimum point in the initial BR stage. From this point, PA concentration gradually increased until the Good Recovery stage in which PA values where higher than those found on healthy palms. In ZW , PA content increased with the disease, reaching the highest value in the affected palms without recovery, with the lowest values measured on healthy palms. The differences between regions might be related to the different roles polyamines play on plants. In ZC the increased amount of PA in healthy palms or in palms under recovery could have a major role in meristem activity induction, required for the spontaneous recovery. In the ZW, the increased of PA content with the disease could be related to the production of reactive oxygen species as a plant secondary defense mechanism due to the impossibility for the plants to, through the increment on meristem activity as the observed in the Central region, produce healthy structures which are not re-infected.

Diagnóstico de la mecanización del cultivo de la palma de aceite en Colombia / Diagnostic of the mechanization of oil palm crop in Colombia

Con el fin de avanzar en el programa de investigación en mecanización del cultivo de palma de aceite, se seleccionaron plantaciones en cada una de las zonas palmeras de Colombia (Oriental, Central, Occidental y Norte), las cuales debían cumplir con las siguientes características: plantación de tamaño grande (> 500 ha) y algún grado de mecanización en ciertas actividades del proceso productivo. Una vez seleccionadas, se realizaron visitas guiadas por los directores agronómicos o por sus asistentes en cada plantación, se tomó un registro fotográfico y se diligenció el instrumento o encuesta relacionada con las líneas de investigación definidas con anticipación; se hizo énfasis en los equipos utilizados, la frecuencia relativa de las tecnologías y los rendimientos de las labores mecanizadas. Este estudio concluye que existe gran dependencia de mano de obra y bajos rendimientos en las diferentes labores, lo cual afecta directamente los costos de producción.

To advance the research agenda in the mechanization of oil palm production, some plantations were selected in each of the palm growing regions of Colombia (East, Central, West and North). These plantations had to meet the following criteria: large plantation (> 500 ha) and with some degree of mechanization in certain activities of the productive process. Once selected, visits guided by agronomic managers, or their assistants, were conducted in each plantation; a photographic record was taken and a survey form related to previously defined research lines was filled out. Emphasis was placed on the equipment used, the relative frequency of the technologies and the performance of the mechanized operations. This study concludes that there is a heavy reliance on manual labor and poor labor performance, which directly affect production costs.

La mecanización del cultivo de palma de aceite / The mechanization of oil palm crop

El cultivo de palma de aceite ha presentado en los últimos años un notable crecimiento y hay estudios que sugieren la existencia de zonas sin restricciones o con restricciones moderadas donde podría seguir creciendo. Sin embargo, ello presenta, entre muchos otros, problemas de escasez de mano de obra, que en países como Malasia se han enfrentado con la mecanización. En Colombia, en cambio, es un área que apenas empieza a ser investigada. Este artículo presenta una revisión del estado del arte sobre algunos aspectos relacionados con la mecanización agrícola, especialmente en el cultivo de palma de aceite en labores que requieren alta mano de obra como son: transporte interno de racimos de fruta fresca, aplicación de fertilizantes, control de malezas y corte de racimos.

Oil palm crop has been consistently growing in the last years; and according to some studies there are regions without restrictions or with mild restrictions through which oil palm planted area could expand. However, crop expansion in these regions must face, among others, labor shortage issues. Mechanization is an alternative to face this problem in countries such as Malaysia. However, this is a filed in which oil palm research has just begun in Colombia. This paper shows a review over some aspects related to agricultural mechanization, especially on oil palm cultivation in activities that are labor-demanding such as internal fresh fruit bunch handling and transport, fertilizer application, weed control and harvest.

Presión estática ejercida al suelo por sistemas para transporte interno de racimos de fruta fresca en palma de aceite / Static pressure exerted on the ground by internal transport systems for oil palm fresh fruit bunches

La presión estática es uno de los factores que afectan en forma directa la degradación mecánica en suelos; cambian propiedades físicas como densidad aparente, resistencia a la penetración, porosidad e infiltración, entre otras. En este suceso intervienen diversas causas, como por ejemplo la formación de suelos, los cambios en contenido de humedad, la introducción de animales de tiro o cargue, la velocidad de tránsito y el peso de los equipos. En esta investigación se identificaron inicialmente las características técnicas de los sistemas, con el objeto de que las mismas contribuyeran a determinar el área de contacto neumático/suelo y pezuña/suelo, en sistemas mecanizados y tradicionales, respectivamente. Entre esas características se encuentran el peso de los sistemas, la capacidad máxima de carga de racimos de fruta fresca (rff) y la huella dejada por los animales de tiro. Se encontró que la presión estática ejercida por los animales es comparable con la de los sistemas mecanizados, y ambos fueron superados únicamente por un sistema que utiliza como fuente de potencia un tractor de 65 hp; además, se observaron los beneficios de utilizar neumáticos tipo avión en los sistemas mecanizados.

Static pressure is one of the factors directly affecting soil mechanical degradation. It changes physical properties such as apparent density, penetration resistance, porosity, and infiltration, among others. There are many causes and interactions involved in this degradation, some of the most important are soil genesis, humidity content changes, animal usage on throw and loading, transit speed, equipment weight, etc. In the present research, technical characteristics of the systems, important for tire contact area/soil and hoof/soil determination on traditional and mechanized systems were investigated. The results show that static pressure caused by animals is comparable to that of the mechanized systems. Only the static pressure of a 65 hp tractor was higher than that produced by animals. Also it was possible to see the advantages of the airplane-type tires on mechanized systems.

Efecto de sistemas de renovación en la producción de palma de aceite en la Zona Norte de Colombia / Effect of the renovation system on oil palm yield in the Northern Region of Colombia

Cerca del 11% del área sembrada en palma de aceite en Colombia tiene una edad superior a los 25 años y ha finalizado su ciclo económico, por lo cual debe ser renovada. La práctica de renovación es costosa y afecta el flujo de caja de las empresas, debido al período improductivo del cultivo joven en las primeras etapas. Con el fin de disminuir este impacto económico se han diseñado diferentes métodos de renovación que afectan de manera diferencial la fisiología del cultivo joven, especialmente por el sombreamiento causado por las palmas viejas. Este artículo presenta resultados del seguimiento, durante cinco años, de variables fisiológicas y de producción de palmas en siembras nuevas con diferentes grados de interferencia del cultivo viejo. Se evaluaron sistemas sin interferencia del cultivo viejo (remoción completa), con interferencia por estípites del cultivo viejo en el suelo (apilar), con diferentes grados de interferencia por sombreamiento causado por la permanencia de diversos porcentajes de palmas del cultivo viejo sin erradicar, y entre siembra de la siembra nueva (entre siembra con erradicación 50% a los 12 meses y 50% restante a los 18 ó 24 meses; entre siembra sin erradicación por 36 meses con uso de podas). Los registros de producción muestran que las palmas del cultivo viejo sin erradicar influyeron negativamente en el proceso productivo de las palmas de la siembra nueva; se presentaron reducciones hasta del 44,7% en la producción de rff respecto al tratamiento apilar. La producción de la siembra nueva en el tratamiento de apilar presentó diferencias estadísticas con los demás tratamientos, y fue la mejor para las variables área y peso seco foliar, altura y producción.

About 11% of the area planted to oil palm in Colombia is older than 25 years and has completed its economic cycle; therefore, it must be replanted. Replacing old trees and replanting is a costly undertaking and it affects the cash flow of the plantations because of the unproductive period of young palms in the early stages. To lessen this economic impact, different replanting methods have been designed that differentially affect the physiology of the young crop, especially by the shading caused by the old palms. This paper presents the results of a 5-year monitoring of physiological and production variables of new palm plantings, with different degrees of interference by the old crop. Various systems were evaluated: without interference from the old crop (complete removal), with interference by felled old trunks on the floor (stacked), with different degrees of interference by shading caused by various percentages of standing old palms, intercropping with old palms (intercropping with 50% removal at 12 months and the remaining 50% at 18 or 24 months, intercropping without removal for 36 months with use of pruning). Production records show that old palms not removed adversely affected the production process of the new planting. Reductions of up to 44.7% in FFB production were found, compared to the stacking treatment. The production of the new planting under stacking conditions showed statistically significant differences with other treatments, and was the best treatment in terms of leaf area and dry weight, height and production variables.

Perfusion pediatrica / Pediatric perfusion

La incidencia de enfermedad cardíaca congénita es de 8 por ciento por cada 1000 nacidos vivos. El 90 por ciento son CIV, CÍA, Ductus, estenosis pulmonar y coartación aórtica. En algunos es indispensable el uso de la Circulación Extracorpórea para su corrección quirúrgica (1). En la Clínica San Rafael, 159 pacientes han sido intervenidos entre enero de 1996 y octubre de 2000, 83 niños y 76 niñas, en edades entre los 9 días y los 17 años, con una media de 6 años. Los tipos de corrección fueron: cierre de ductus arteriosos persistente, cierre de comunicaciones inter-auriculares (CIA), cierre de comunicaciones inter-ventriculares (CIV), coartación aórtica, fístula sistémico pulmonar, Fallot, cambio válvula mitral, cambio válvula aórtica, plastia válvula aórtica, plastia válvula tricúspide, plastia válvula pulmonar, canal aurículo-ventricular, doble salida de ventrículo derecho, transposición de grandes vasos, drenaje venoso anómalo, tumor del ventrículo izquierdo. En todos los pacientes se aplicó el protocolo establecido en nuestra Institución, siendo el perfusionista quien seleccionó el oxigenador, el circuito, las cánulas, el hemoconcentrador pediátrico y la purga. La experiencia adquirida en la Clínica San Rafael ha permitido realizar intervenciones de cardiopatías complejas con buenos resultados. La Técnica de Perfusión, es muy importante en el resultado de la intervención, haciendo que ésta sea segura y fiable

Historia del primer trasplante de pulmon en Colombia / History of firts lung trasplantation in Colombia

El desarrollo del trasplante pulmonar en el mundo ha sido reciente para ofrecer a los pacientes en enfermedad pulmonar terminal una alternativa válida y en la actualidad la única viable para la preservación de sus vidas. Todos los grupos que dedicamos nuestros esfuerzos a los programas de trasplante sabemos los problemas que existen entre trasplantar un bloque corazón pulmón, un pulmón o dos pulmones tanto en los grandes equipos como en los de comienzo reciente como los nuestros. El primer trasplante de pulmón en Colombia se realizó en la Clínica San Rafael de Santafé de Bogotá, el 21 de septiembre de 1997 por nuestro equipo, en una paciente de 35 años que padecía un síndrome de Eisenmenger secundario a una comunicación inter-ventricular, presente durante su niñez y que en la actualidad había desaparecido, y a una comunicación inter-auricular de gran tamaño asociado a una insuficiencia tricuspídea grado II I, en ella se realizó el cierre del defecto con un parche de pericardio autólogo y plastia de De Vega sobre la válvula tricuspídea en circulación extracorpórea y trasplante unipulmonar derecho, que cursó con un cuadro de rechazo agudo y edema pulmonar masivo con hepatización pulmonar, falleciendo ocho horas después del inicio de la intervención

Diagnóstico de la úlcera péptica / Peptic ulcer diagnosis

En base a los datos clínicos puede alcanzarse un diagnostico razonable hasta en 70 por ciento de casos, sobre todo en la úlcera duodenal

Conceptos en relación a la evolución del cáncer gástrico / Concepts regarding on the evolution of gastric cancer

Es dificil precisar cuando comienzan a manifestarse los fenomenos que anteceden al cáncer gástrico, desde que se inician las alteraciones genéticas hasta que la neoplasia alcanza su etapa avanzada se suceden una serie de eventos: fenómenos inflamatorios como la gastritis, erosiones, ulceraciones, hiperplasias, neoplasias benignas como el adenoma, sobre los que se harian presentes lesiones displásicas y luego el cáncer temprano. A travéz el tiempo estos eventos han sido diversamente observados e interpretados, algunas veces, en forma magistral por autores a los que debemos estudios de verdaderos pioneros. Las discusiones han sido multiples y han llegado al apasionamiento. El concepto actual de DISPLASIA y de CANCER TEMPRANO tiene ahora carta de ciudadania

Gigantismo localizado idiopático: revisäo bibliografica e apresentaçäo de um caso

Após uma ampla revisÝo da literatura pertinente os autores fazem uma abordagem dos aspectos relevantes do Gigantismo Localizado Idiopático (GLI). Descrevem dados sobre definiçÝo, sinonímia, citologia, formas de apresentaçÝo, diagnósticos diferenciais e tratamento. apresentam um caso clínico clássico do tipo GLI dinâmico sendo provavelmente o primeiro da literatura nacional

Cáncer gástrico / Gastric cancer

El cáncer gástrico, fundamentalmente epitelial, es de incidencia variable en el mundo; en este trabajo se hace una revisión sobre los aspectos epidemiológicos, hereditarios y ambientales, así como de la importancia de las enfermedades consideradas precursoras; gastritis atrófica y metaplasia intestinal, úlcera gástrica, adenoma gástrico, anemia perniciosa, el estómago operado y la enfermedad de Menetrier. Se describen los cambios patogénicos de la mucosa gástrica que dan lugar a las formas intestinal y difusa del adenocarcinoma del estómago. El aspecto anátomo-patológico incluye las clasificaciones macroscópica de Borrmann y la Japonesa para el cáncer temprano y finalmente se revisan los métodos de diagnóstico clínico y propedéutico, especialmente el radiológico y endoscópico, así como los esquemas terapeúticos de la enfermedad maligana del estómago ya sea, quirúrgicos o quimioterápicos adyuvantes

Tricobezoar y úlcera gástrica en pediatría: reporte de 1 caso / Gastric trichobezoar and ulcer in pediatric patient: a case report

Presentamos un caso de tricobezoar gástrico diagnosticado en una paciente pediátrica que presentaba tricotilomanía y tricofagia. Se halló además una úlcera gástrica no sangrante en curvatura mayor, hallazgo radiográfico confirmado en el acto quirúrgico en que se extirpó el tricobezoar. Se hace una revisión sobre las características más importantes que acompañan a esta rara patología